聚肌胞和干擾素一般都有抗病毒和免疫調(diào)節(jié)功能，對于抗病毒治療來講，兩者在不良反應方面，可能干擾素要好一點。
干擾素是機體在受到病毒感染或者干擾素誘導劑，比如聚肌胞刺激后產(chǎn)生的一種蛋白質。干擾素一般有抗腫瘤、抗病毒及調(diào)節(jié)免疫的作用。聚肌胞是一種干擾素誘導劑，在體內(nèi)細胞誘導下產(chǎn)生干擾素，有抗病毒和免疫調(diào)節(jié)的功能，可以用于病毒感染導致的疾病及腫瘤的免疫調(diào)節(jié)治療。
全身使用的干擾素可能會引起致死性的精神癥狀、神經(jīng)癥狀、自身免疫性疾病及感染性疾病。另外還可能有流感樣綜合征、貧血、血小板減少、惡心、失眠、不想吃飯等，部分患者使用后有皮疹、皮炎、脫發(fā)等不良反應。
聚肌胞的不良反應比較多，發(fā)生頻率高，使用聚肌胞的患者幾乎全部都會出現(xiàn)頭暈、頭痛、口干、惡性，肌肉酸痛、畏寒等癥狀，少數(shù)患者會出現(xiàn)過敏反應。靜脈用藥的有可能會出現(xiàn)發(fā)熱的不良反應。少見的不良反應有驚厥、昏迷、血小板減少等，建議在醫(yī)生指導下用藥。
